El Ayuntamiento de Navotas es el Sangguniang Panlungsod o asamblea legislativa de Navotas . Está compuesto por 14 concejales, seis de ellos elegidos por cada uno de los dos distritos de Navotas y dos concejales elegidos entre los presidentes de barangay (vecindario) y el Sangguniang Kabataan (SK; consejos de jóvenes). El presidente del consejo es el vicealcalde, que es elegido en toda la ciudad.
Cada uno de los dos distritos de Navotas elige a seis concejales para el consejo. En la votación por mayoría relativa , un votante puede votar hasta seis candidatos, y los candidatos que obtengan el mayor número de votos serán los elegidos. Además, los presidentes de los barangays y los presidentes de los SK de toda la ciudad eligen entre ellos a sus representantes para el consejo. Por lo tanto, hay 14 concejales.
Las elecciones municipales se sincronizan con otras elecciones del país. Las elecciones se celebran cada primer lunes de mayo cada tres años desde 1992.
Como presidente, el vicealcalde sólo puede votar para romper empates.
Barangays : Bagumbayan Norte, Bagumbayan Sur, Bangkulasi, Navotas Este, Navotas Oeste, North Bay Boulevard Norte, NBBS Proper, NBBS Kaunlaran, NBBS Dagat-dagatan, San Rafael Village, Sipac-Almacen
Barangays : Daanghari, San José, San Roque, Tangos Norte , Tangos Sur , Tanza 1, Tanza 2