Plataforma de software de vida artificial
Avida es una plataforma de software de vida artificial para estudiar la biología evolutiva de programas informáticos autorreplicantes y en evolución ( organismos digitales ). Avida se encuentra en desarrollo activo en el Laboratorio de Evolución Digital de Charles Ofria en la Universidad Estatal de Michigan ; la primera versión de Avida fue diseñada en 1993 por Ofria, Chris Adami y C. Titus Brown en Caltech , y Ofria la ha rediseñado por completo en múltiples ocasiones desde entonces. El software se inspiró originalmente en el sistema Tierra .
Principios de diseño
Tierra simuló un sistema evolutivo introduciendo programas informáticos que competían por los recursos informáticos, específicamente el tiempo del procesador (CPU) y el acceso a la memoria principal. En este sentido, era similar a Core Wars , pero se diferenciaba en que los programas que se ejecutaban en la simulación podían modificarse a sí mismos y, por lo tanto, evolucionar. Los programas de Tierra eran organismos vivos artificiales. [ cita requerida ]
A diferencia de Tierra, Avida asigna a cada organismo digital su propia región protegida de memoria y la ejecuta con una CPU virtual separada . Por defecto, otros organismos digitales no pueden acceder a este espacio de memoria, ni para leer ni para escribir, y no pueden ejecutar código que no esté en su propio espacio de memoria.
Una segunda diferencia importante es que las CPU virtuales de diferentes organismos pueden funcionar a distintas velocidades, de modo que un organismo ejecuta, por ejemplo, el doble de instrucciones en el mismo intervalo de tiempo que otro organismo. La velocidad a la que funciona una CPU virtual está determinada por una serie de factores, pero lo más importante es que dependen de las tareas que realiza el organismo: cálculos lógicos que los organismos pueden llevar a cabo para obtener una velocidad de CPU adicional como beneficio adicional.
Uso en investigación
Adami y Ofria, en colaboración con otros, han utilizado Avida para realizar investigaciones sobre evolución digital, y las revistas científicas Nature y Science han publicado cuatro de sus artículos.
El artículo de 2003 "El origen evolutivo de las características complejas" describe la evolución de una operación matemática de igualdad a partir de operaciones bit a bit más simples. [2]
Uso en educación
El proyecto Avida-ED (Avida-ED) utiliza la plataforma de software Avida dentro de una interfaz gráfica de usuario simplificada adecuada para su uso en la enseñanza de la evolución en la escuela secundaria y en la universidad, y proporciona software, documentación, tutoriales, planes de lecciones y otros materiales del curso disponibles de forma gratuita. [4] [5] El software Avida-ED se ejecuta como una aplicación web en el navegador, con la interfaz de usuario implementada en JavaScript y Avida compilada en JavaScript utilizando Emscripten, lo que hace que el software sea ampliamente compatible con los dispositivos que se utilizan comúnmente en las aulas. [6] Se ha demostrado que este enfoque es eficaz para mejorar la comprensión de la evolución por parte de los estudiantes. [7] [8] [9]
El proyecto Avida-ED fue el ganador del Premio de la Sociedad Internacional para la Educación y la Difusión de la Vida Artificial de 2017. [10]
Véase también
Referencias
- ^ "Descargar la plataforma Avida Digital Life". sourceforge.net . 6 de febrero de 2014 . Consultado el 27 de marzo de 2021 .
- ^ Lenski, RE ; Ofria, C. ; Pennock, RT ; Adami, C. (2003). "El origen evolutivo de las características complejas" (PDF) . Nature . 423 (6936): 139–144. Bibcode :2003Natur.423..139L. doi :10.1038/nature01568. PMID 12736677. S2CID 4401833. Archivado desde el original (PDF) el 2021-01-21 . Consultado el 2012-01-30 .
- ^ "Interfaz de usuario de Avida-ED". github.com . Consultado el 11 de octubre de 2021 .
- ^ Smith, James J.; Johnson, Wendy R.; Lark, Amy M.; Mead, Louise S.; Wiser, Michael J.; Pennock, Robert T. (2016). "Un plan de estudios de evolución digital Avida-ED para biología de pregrado". Evolución: educación y divulgación . 9 (1). doi : 10.1186/s12052-016-0060-0 . ISSN 1936-6426.
- ^ Anónimo (5 de febrero de 2018). «Una herramienta en línea acelera la educación sobre la evolución». ScienceDaily . Consultado el 3 de julio de 2021 .
- ^ Taylor, Tim; Auerbach, Joshua E.; Bongard, Josh; Clune, Jeff; Hickinbotham, Simon; Ofria, Charles; Oka, Mizuki; Risi, Sebastian; Stanley, Kenneth O.; Yosinski, Jason (2016). "WebAL llega a la mayoría de edad: una revisión de los primeros 21 años de vida artificial en la Web" (PDF) . Vida artificial . 22 (3): 364–407. doi :10.1162/ARTL_a_00211. hdl : 2241/00154082 . ISSN 1064-5462. PMID 27472416. S2CID 12092129.
- ^ Pennock, Robert T.; Smith, James J.; Mead, Louise S.; Richmond, Gail; Lark, Amy (2018). "Explorando la relación entre las experiencias con la evolución digital y la comprensión científica y la aceptación de la evolución por parte de los estudiantes". The American Biology Teacher . 80 (2): 74–86. doi :10.1525/abt.2018.80.2.74. ISSN 0002-7685. S2CID 52260399.
- ^ Abi Abdallah, Delbert S.; Fonner, Christopher W.; Lax, Neil C.; Babeji, Matthew R.; Palé, Fatimata A. (2020). "Evaluación del uso de organismos digitales Avida-ED para enseñar evolución y selección natural". The American Biology Teacher . 82 (2): 114–119. doi : 10.1525/abt.2020.82.2.114 . ISSN 0002-7685.
- ^ Pennock, Robert T.; Richmond, Gail; Lark, Amy (2014). "Modelado de la evolución en el aula". The American Biology Teacher . 76 (7): 450–454. doi :10.1525/abt.2014.76.7.6. ISSN 0002-7685. S2CID 83720929.
- ^ Taylor, Tim (16 de septiembre de 2017). «Premios ISAL 2017: Ganadores - Vida artificial». Vida artificial . Consultado el 3 de julio de 2021 .
Enlaces externos
- Software Avida - GitHub
- Proyecto Avida-ED - Robert T. Pennock
- Un sitio para desarrolladores de Avida
- Sitio web de MSU Devolab
Publicaciones científicas que presentan a Avida
- C. Adami y CT Brown (1994), Aprendizaje evolutivo en los sistemas de vida artificial 2D Avida, en: R. Brooks, P. Maes (Eds.), Proc. Artificial Life IV, MIT Press, Cambridge, MA, pág. 377-381. arXiv :adap-org/9405003
- RE Lenski , C. Ofria, TC Collier, C. Adami (1999). Complejidad, robustez e interacciones genéticas del genoma en organismos digitales. Nature 400: 661-664.
- CO Wilke, JL Wang, C. Ofria, RE Lenski y C. Adami (2001). La evolución de los organismos digitales a una tasa de mutación elevada conduce a la supervivencia de los más planos. Nature 412: 331-333.
- RE Lenski, C. Ofria, RT Pennock y C. Adami (2003). El origen evolutivo de las características complejas. Nature 423: 139-145.
- SS Chow, CO Wilke, C. Ofria, RE Lenski y C. Adami (2004). Radiación adaptativa a partir de la competencia por recursos en organismos digitales. Science 305: 84-86.
- J. Clune, D. Misevic, C. Ofria, RE Lenski, SF Elena y R. Sanjuán. La selección natural no logra optimizar las tasas de mutación para la adaptación a largo plazo en paisajes accidentados. PLoS Computational Biology 4(9): 2008. doi :10.1371/journal.pcbi.1000187
- Clune J, Goldsby HJ, Ofria C y Pennock RT (2011) Presiones selectivas para una selección precisa del altruismo: evidencia de la evolución digital para aspectos difíciles de probar de la teoría de la aptitud inclusiva. Actas de la Royal Society. pdf (archivo)
- Benjamin E. Beckmann, Philip K. McKinley, Charles Ofria (2007). Evolución de una respuesta adaptativa al sueño en organismos digitales. ECAL 2007 pdf