En 1956, la IFA fue admitida para jugar en la AFC, cosechando importantes triunfos continentales a nivel de clubes y de selecciones mayores y juveniles; entre ellas, la Copa Asiática 1964, siendo toda una potencia futbolística en Asia.
En 1974, la IFA es expulsada de la AFC debido a presiones políticas de los países árabes de Asia que rechazaban jugar contra Israel por sus conflictos con estos países, tensiones que aumentaron desde la guerra de Yom Kipur en el año inmediatamente anterior.
Durante 20 años, la IFA no estaba afiliada a ninguna confederación, jugaba provisionalmente un tiempo en la OFC y otro tanto en la UEFA, hasta que estos últimos la admitieron como miembro pleno en 1994.
Desde entonces, los clubes israelíes han participado en las competiciones de UEFA y la selección nacional disputa clasificatorias a la Eurocopa y al Mundial como parte de Europa.
En un eventual caso que la selección de Israel ganase la Eurocopa, sería la segunda selección en el mundo que ganaría torneos oficiales de selecciones en dos confederaciones diferentes (la primera fue Australia cuando ganó la Copa Asiática 2015, luego de ganar en 4 ocasiones la Copa de las Naciones de la OFC).