La temporada 1999 de la Primera División de Fútbol Profesional Apertura ( oficialmente "Copa Pilsener Apertura 1999" ) comenzó el 28 de agosto de 1999 y finalizó el 26 de diciembre de 1999.
La temporada vio al Águila ganar su 12º título de liga después de una victoria por 1-0 sobre el CD Municipal Limeño en la final.
Después de la jornada 8 de esta temporada, Árabe Marte volvió a su nombre histórico de Atlético Marte .
Ascendido de Segunda División de Fútbol Salvadoreño a partir de 1999.
Relegado a Segunda División de Fútbol Salvadoreño a partir de 1999.
Esta es una lista de jugadores extranjeros en el Apertura 1999. Los siguientes jugadores: