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Anna Kreshuk

Anna Kreshuk es líder de grupo en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular en Heidelberg , Alemania . Se unió a la Unidad de Biología Celular y Biofísica en julio de 2018, donde su grupo emplea el aprendizaje automático para desarrollar métodos automatizados que ayuden a los biólogos a acelerar el análisis de imágenes . [1] [2]

Educación

Kreshuk estudió matemáticas en la Universidad Estatal de Moscú Lomonosov , graduándose en 2003. Antes de comenzar sus estudios de doctorado, Kreshuk trabajó en el CERN (2004-2007) [3] [4] [5] y en el Centro Helmholtz de Investigación de Iones Pesados ​​GSI (2007-2008) como programadora científica. De 2008 a 2011, obtuvo su doctorado en informática , trabajando en el Heidelberg Collaboratory for Image Processing (HCI) en la Universidad de Heidelberg , supervisada por el Prof. Dr. Fred Hamprecht. [6]

Carrera e investigación

De 2012 a 2018, Kreshuk trabajó en el Laboratorio de Procesamiento de Imágenes de Heidelberg (HCI) en la Universidad de Heidelberg , mientras realizaba sus estudios de posgrado. [7] [8]

Desde 2018, Kreshuk ha sido líder de grupo en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular en Heidelberg , Alemania . [1]

Su grupo de investigación ha desarrollado un conjunto de herramientas para el aprendizaje interactivo y la segmentación ( Ilastik ) para acercar métodos basados ​​en el aprendizaje automático a los miembros de la comunidad de ciencias de la vida sin experiencia en visión artificial . [9] [10] [11]

Los algoritmos de Ilastik son versátiles y fáciles de usar, capaces de abordar una amplia gama de problemas de análisis de imágenes. Sin embargo, los conjuntos de datos de bioimágenes complejos a menudo requieren un enfoque más personalizado. Por lo tanto, el equipo de Kreshuk está especialmente centrado en resolver problemas de segmentación intrincados para microscopía óptica o microscopía electrónica (LM o EM) 3D y a gran escala . Recientemente, han elaborado técnicas y herramientas para segmentar todas las células y núcleos en un gusano juvenil de la especie Platynereis dumerilii (EM), [12] así como en varios órganos y tejidos de plantas (LM). [13]

Kreshuk es una reconocida científica informática, por lo que la invitan con frecuencia a talleres, [14] seminarios, [15]

Premios y honores

Referencias

  1. ^ ab "Bienvenida: Anna Kreshuk". 20 de abril de 2018.
  2. ^ "Grupo Kreshuk – Aprendizaje automático para análisis de bioimágenes".
  3. ^ Kreshuk, Anna; Brun, R.; Antchevam, I.; Moneta, Lorenzo (2008). "Software estadístico ROOT". doi :10.5170/CERN-2008-001.179.
  4. ^ Brun, R.; Canal, P.; Frank, M.; Kreshuk, A.; Linev, S.; Russo, P.; Rademakers, F. (2008). "Desarrollos en E/S ROOT y árboles". Journal of Physics: Conference Series . 119 (4): 042006. arXiv : 0901.0886 . Código Bibliográfico :2008JPhCS.119d2006B. doi :10.1088/1742-6596/119/4/042006.
  5. ^ Antcheva, I.; Ballintijn, M.; Bellenot, B.; Biskup, M.; Brun, R.; Buncic, N.; Canal, Ph.; Casadei, D.; Couet, O.; Bien, V.; Franco, L.; Ganis, G.; Gheata, A.; Maline, D. González; Ir a, M.; Iwaszkiewicz, J.; Kreshuk, A.; Segura, D. Marcos; Maunder, R.; Moneta, L.; Naumann, A.; Offermann, E.; Onuchin, V.; Panacek, S.; Rademakers, F.; Ruso, P.; Tadel, M. (2009). "ROOT: un marco de C ++ para almacenamiento, análisis estadístico y visualización de datos en petabytes". Comunicaciones de Física Informática . 180 (12): 2499–2512. arXiv : 1508.07749 . Código Bibliográfico :2009CoPhC.180.2499A. doi :10.1016/j.cpc.2009.08.005. S2CID  2616728.
  6. ^ Kreshuk, Anna; Straehle, Christoph N.; Sommer, Christoph; Koethe, Ullrich; Cantoni, Marco; Knott, Graham; Hamprecht, Fred A. (2011). "Detección y segmentación automatizadas de contactos sinápticos en imágenes de microscopía electrónica seriada casi isótropa". PLOS ONE . ​​6 (10): e24899. Bibcode :2011PLoSO...624899K. doi : 10.1371/journal.pone.0024899 . PMC 3198725 . PMID  22031814. 
  7. ^ Kreshuk, Anna; Koethe, Ullrich; Pax, Elizabeth; Bock, Davi D.; Hamprecht, Fred A. (2014). "Detección automática de sinapsis en pilas de imágenes de microscopía electrónica de transmisión de secciones seriadas". PLOS ONE . ​​9 (2): e87351. Bibcode :2014PLoSO...987351K. doi : 10.1371/journal.pone.0087351 . PMC 3916342 . PMID  24516550. 
  8. ^ Krasowski, NE; Beier, T.; Knott, GW; Kothe, U.; Hamprecht, FA; Kreshuk, A. (2018). "Segmentación de neuronas con antecedentes biológicos de alto nivel". IEEE Transactions on Medical Imaging . 37 (4): 829–839. doi :10.1109/TMI.2017.2712360. PMID  28600240. S2CID  4560617.
  9. ^ El kit de herramientas interactivo de aprendizaje y segmentación ilastik.org
  10. ^ Berg, Estuardo; Kutra, Dominik; Kroeger, Thorben; Straehle, Christoph N.; Kausler, Bernhard X.; Haubold, Carsten; Schiegg, Martín; Alés, Janez; Beier, Thorsten; Rudy, Markus; Eren, Kemal; Cervantes, Jaime I.; Xu, Buote; Beuttenmueller, Finlandia; Wolny, Adrián; Zhang, Chong; Koethe, Ullrich; Hamprecht, Fred A.; Kreshuk, Anna (2019). "Ilastik: aprendizaje automático interactivo para análisis de (bio) imágenes". Métodos de la naturaleza . 16 (12): 1226-1232. doi :10.1038/s41592-019-0582-9. PMID  31570887. S2CID  203609613.
  11. ^ Eisenstein, Michael (2023). "IA bajo el microscopio: los algoritmos que impulsan la búsqueda de células". Nature . 623 (7989): 1095–1097. Bibcode :2023Natur.623.1095E. doi : 10.1038/d41586-023-03722-y . PMID  38012372.
  12. ^ Vergara, Hernando M.; Pape, Constantino; Meechan, Kimberly I.; Zinchenko, Valentina; Genoud, Christel; Wanner, Adrián A.; Mutemi, Kevin Nzumbi; Titzé, Benjamín; Templin, Rachel M.; Bertucci, Paola Y.; Simakov, Oleg; Dürichen, Wiebke; Machado, Pedro; Salvaje, Emily L.; Schermelleh, Lothar; Schwab, Yannick; Friedrich, Rainer W.; Kreshuk, Anna; Tischer, cristiano; Arendt, Detlev (2021). "Integración de la expresión genética y la morfología unicelular en todo el cuerpo". Celúla . 184 (18): 4819–4837.e22. doi :10.1016/j.cell.2021.07.017. PMC 8445025 . Número de modelo:  PMID34380046. 
  13. ^ Wolny, Adrián; Cerrone, Lorenzo; Vijayan, Athul; Tofanelli, Rachele; Barro, Amaya Vilches; Louveaux, Marion; Wenzl, cristiano; Strauss, Sören; Wilson-Sánchez, David; Lymbouridou, Rena; Steigleder, Susanne S.; Pape, Constantino; Bailoni, Alberto; Durán-Nebreda, Salva; Basilea, George W.; Lohmann, enero U.; Tsiantis, Miltos; Hamprecht, Fred A.; Schneitz, Kay; Maizel, Alexis; Kreshuk, Anna (2020). "Segmentación 3D precisa y versátil de tejidos vegetales con resolución celular". eVida . 9 . doi : 10.7554/eLife.57613 . PMC 7447435 . PMID  32723478. 
  14. ^ "Aprendizaje profundo para análisis de imágenes – Oficina de Cursos y Congresos".
  15. ^ "Seminario de Biofísica y Desarrollo: Anna Kreshuk, EMBL".
  16. ^ "Tecnologías híbridas para biología celular estructural con resolución casi atómica".