En un MLVA típico, una serie de loci bien seleccionados y caracterizados (en términos de tasa de mutación y diversidad) se amplifican mediante reacción en cadena de la polimerasa ( PCR ), de modo que se pueda medir el tamaño de cada locus, generalmente mediante electroforesis de la amplificación. productos junto con fragmentos de ADN de referencia (el llamado marcador de tamaño de ADN). Se pueden utilizar diferentes equipos de electroforesis dependiendo de la precisión de la estimación del tamaño requerido y de la configuración del laboratorio local, desde electroforesis básica en gel de agarosa hasta dispositivos de electroforesis capilar más sofisticados y de alto rendimiento . [1] A partir de esta estimación de tamaño, se puede deducir el número de unidades repetidas en cada locus. La información resultante es un código que puede compararse fácilmente con bases de datos de referencia una vez que el ensayo se haya armonizado y estandarizado. [2] [3]
MLVA se ha convertido en una importante herramienta de tipificación de primera línea en una serie de patógenos en los que se podría lograr dicha armonización, incluidos Mycobacterium tuberculosis , [4] Bacillus anthracis , [5] Brucella . [6] [7]
GeneMapper Un software comercial para la normalización y el tamaño de picos de una determinada marca de máquinas de electroforesis capilar.
BioNumerics Una solución bioinformática comercial para almacenar y analizar un gran panel de datos biológicos, incluido MLVA y, en general, conjuntos de datos de caracteres. Se pueden realizar normalización, llamada de tamaño, corrección de tamaño, asignación de número de repeticiones y análisis de conglomerados en datos MLVA.
Referencias
^ Vergnaud G, Pourcel C (2009). "Análisis de número de repeticiones en tándem de variable de locus múltiple". Epidemiología molecular de los microorganismos . Métodos Mol. Biol. vol. 551, págs. 141–58. doi :10.1007/978-1-60327-999-4_12. ISBN 978-1-60327-998-7. PMID 19521873.
^ Grissa I, Bouchon P, Pourcel C, Vergnaud G (2008). "Recursos en línea para estudios de microevolución bacteriana mediante tipificación MLVA o CRISPR". Bioquimia . 90 (4): 660–8. doi :10.1016/j.biochi.2007.07.014. PMID 17822824.
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^ Thierry S, Tourterel C, Le Flèche P, Derzelle S, Dekhil N, Mendy C, Colaneri C, Vergnaud G, Madani N (2014). "Genotipado de cepas francesas de Bacillus anthracis basado en análisis VNTR multiloci de 31 loci: epidemiología, evaluación de marcadores y actualización de la base de datos de genotipos de Internet". MÁS UNO . 9 (6): e95131. doi : 10.1371/journal.pone.0095131 . PMC 4046976 . PMID 24901417.
^ Scholz HC, Vergnaud G (2013). "Caracterización molecular de especies de Brucella ". Rev. Ciencia. Tecnología . 32 (1): 149–62. doi :10.20506/rst.32.1.2189. PMID 23837373.
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