Srinivas Aluru

Científico informático estadounidense

Srinivas Aluru es profesor en la Escuela de Ciencias Computacionales e Ingeniería del Instituto de Tecnología de Georgia y codirector ejecutivo del Instituto de Investigación Interdisciplinaria en Ingeniería y Ciencia de Datos del Instituto Tecnológico de Georgia. ^{[1] [2]} Sus principales áreas de investigación son la computación de alto rendimiento, la ciencia de datos, la bioinformática y la biología de sistemas, los métodos combinatorios en computación científica y los algoritmos de cadenas. Aluru es miembro de la Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia (AAAS) y del Instituto de Ingenieros Eléctricos y Electrónicos (IEEE). Es más conocido por sus contribuciones a la investigación en algoritmos y aplicaciones paralelas, la investigación interdisciplinaria en bioinformática y biología computacional , y particularmente la intersección de estos dos campos. ^{[3] [4]}

Educación

Aluru completó su licenciatura en informática en el Instituto Indio de Tecnología de Madrás en el año 1989. Luego recibió títulos de maestría y doctorado en informática en 1991 y 1994, ambos de la Universidad Estatal de Iowa . Su tesis doctoral fue "Métodos jerárquicos de N cuerpos independientes de la distribución". ^[1]

Carrera e investigación

Aluru comenzó su carrera en 1991 como asistente de investigación en el Laboratorio Ames . Después de obtener su doctorado, trabajó brevemente en la Universidad de Syracuse como profesor asistente visitante antes de unirse como profesor asistente en el Departamento de Ciencias de la Computación en la Universidad Estatal de Nuevo México . En 1999, regresó a su alma mater para desempeñarse como miembro de la facultad en el Departamento de Ingeniería Eléctrica y Computación. En Iowa State, ocupó la Cátedra Stanley en Ingeniería Interdisciplinaria (2006-2009) y la Cátedra Mehl (2009-2013). Presidió el programa de bioinformática interdepartamental (2005-2007) y se desempeñó como presidente asociado de investigación y educación de posgrado en el departamento de ECE (2003-2006). Ganó varios premios de investigación universitaria, incluidos premios de carrera temprana, de mitad de carrera y logros de investigación sobresalientes, y dirigió la investigación en computación de alto rendimiento y bioinformática. En 2013, se trasladó a la Escuela de Ciencias Computacionales e Ingeniería del Instituto de Tecnología de Georgia . ^[1]

El enfoque de investigación de Aluru se ha centrado en las contribuciones a los algoritmos paralelos y la bioinformática, en particular la genómica . Fue pionero en el desarrollo de métodos paralelos en biología computacional y en el desarrollo de algoritmos y software para el análisis de secuenciación de ADN de alto rendimiento y sus aplicaciones. En este contexto, parte del trabajo de su grupo condujo al desarrollo de algoritmos de cadenas fundamentales, en particular para construir matrices de sufijos y algoritmos para la coincidencia aproximada de secuencias. También resolvió el problema abierto de calcular la distancia de edición de cadenas o las alineaciones de secuencias biológicas en tiempo y espacio óptimos. Colaboró ​​con científicos del dominio en varios proyectos de alto impacto, incluida la secuenciación del genoma del maíz, el hallazgo de nuevos genes en el maíz y el descubrimiento de mecanismos genéticos que subyacen al crecimiento y la respuesta a la sequía en las plantas. ^[5]

Aluru, pionero en el campo de los macrodatos, dirigió uno de los ocho proyectos inaugurales de mediana escala de la NSF y el NIH en el campo de los macrodatos, que se adjudicaron en la primera ronda de inversiones federales en macrodatos en 2012. Ha contribuido a los talleres de la Casa Blanca dirigidos por el NITRD y la OSTP, y a los esfuerzos dirigidos por la NSF y el DOE para crear y fomentar la investigación en macrodatos. Lideró los esfuerzos para crear el Centro de Innovación Regional de Macrodatos del Sur de la NSF ^[6], que fomenta las asociaciones en materia de macrodatos entre organizaciones de los 16 estados del sur de Estados Unidos y Washington, D.C.

Premios

• Miembro de la Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia ^[7]
• Miembro del Instituto de Ingenieros Eléctricos y Electrónicos (IEEE) y de la IEEE Computer Society ^[1]

Publicaciones seleccionadas

• Schnable, Patrick S.; Ware, Doreen; Fulton, Robert S.; Stein, Joshua C.; Wei, Fusheng; Pasternak, Shiran; Liang, Chengzhi; Zhang, Jianwei; Fulton, Lucinda (2009-11-20). "El genoma del maíz B73: complejidad, diversidad y dinámica". Science . 326 (5956): 1112–1115. Bibcode :2009Sci...326.1112S. doi :10.1126/science.1178534. ISSN  0036-8075. PMID  19965430. S2CID  21433160.
• Ko, Pang; Aluru, Srinivas (25 de junio de 2003). "Construcción de matrices de sufijos en tiempo lineal y con eficiencia espacial". Coincidencia de patrones combinatorios . Apuntes de clase en informática. Vol. 2676. Springer, Berlín, Heidelberg. págs. 200–210. doi :10.1007/3-540-44888-8_15. ISBN 978-3540448884.
• Huang, Xiaoqiu; Wang, Jianmin; Aluru, Srinivas; Yang, Shiaw-Pyng; Hillier, LaDeana (1 de septiembre de 2003). "PCAP: un programa de ensamblaje del genoma completo". Genome Research . 13 (9): 2164–2170. doi :10.1101/gr.1390403. ISSN  1088-9051. PMC  403719 . PMID  12952883.
• Kim, Dong Kyue; Sim, Jeong Seop; Park, Heejin; Park, Kunsoo (25 de junio de 2003). "Construcción en tiempo lineal de matrices de sufijos". Coincidencia de patrones combinatorios . Notas de clase en informática. Vol. 2676. Springer, Berlín, Heidelberg. págs. 186–199. CiteSeerX  10.1.1.458.3655 . doi :10.1007/3-540-44888-8_14. ISBN . 978-3540448884.
• Yu, Xiaofei; Li, Lei; Zola, Jaroslaw; Aluru, Maneesha; Ye, Huaxun; Foudree, Andrew; Guo, Hongqing; Anderson, Sarah; Aluru, Srinivas (1 de febrero de 2011). "Una red transcripcional de brasinoesteroides revelada por la identificación de genes diana de BESI en Arabidopsis thaliana en todo el genoma". The Plant Journal . 65 (4): 634–646. doi :10.1111/j.1365-313X.2010.04449.x. ISSN  1365-313X. PMID  21214652.
• Aluru, Srinivas (21 de diciembre de 2005). Manual de biología molecular computacional. CRC Press. ISBN 9781420036275.
• Yang, X.; Chockalingam, SP; Aluru, S. (1 de enero de 2013). "Un estudio de los métodos de corrección de errores para la secuenciación de próxima generación". Briefings in Bioinformatics . 14 (1): 56–66. doi : 10.1093/bib/bbs015 . ISSN  1467-5463. PMID  22492192.
• Aluru, Srinivas (2005). "Construcción lineal de matrices de sufijos con eficiencia espacial". Journal of Discrete Algorithms . 3 (2–4): 143–156. doi : 10.1016/j.jda.2004.08.002 .
• Yang, X.; Dorman, KS; Aluru, S. (15 de octubre de 2010). "Reptile: mosaico representativo para corrección de errores de lectura corta". Bioinformática . 26 (20): 2526–2533. doi : 10.1093/bioinformatics/btq468 . ISSN  1367-4803. PMID  20834037.
• Ott, Michael; Zola, Jaroslaw; Stamatakis, Alexandros; Aluru, Srinivas (2007). "Análisis filogenético basado en máxima verosimilitud a gran escala sobre el IBM Blue Gene /L". Actas de la conferencia ACM/IEEE de 2007 sobre supercomputación - SC '07 . p. 1. doi :10.1145/1362622.1362628. ISBN 9781595937643.S2CID 16113442  .
• Kalyanaraman, A. (1 de junio de 2003). "Agrupamiento eficiente de grandes conjuntos de datos EST en computadoras paralelas". Investigación de ácidos nucleicos . 31 (11): 2963–2974. doi :10.1093/nar/gkg379. ISSN  0305-1048. PMC  156714 . PMID  12771222.
• Rajko, S.; Aluru, S. (diciembre de 2004). "Alineamientos de secuencias paralelas óptimos en el espacio y el tiempo". IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems . 15 (12): 1070–1081. doi :10.1109/TPDS.2004.86. ISSN  1045-9219. S2CID  1183248.

Referencias

1. "La casa de Srinivas Aluru". www.cc.gatech.edu . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
2. "Georgia Tech enfrenta los desafíos de Big Data uniéndose bajo un nuevo instituto". www.news.gatech.edu . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
3. "NSF anuncia avances interinstitucionales en la iniciativa de Big Data de la Administración | NSF - National Science Foundation" www.nsf.gov . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
4. "Noticias - Vídeo - Srinivas Aluru de la Universidad Estatal de Iowa trabaja en la intersección de las ciencias de la vida y el big data. | NSF - National Science Foundation". www.nsf.gov . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
5. "Investigadores detallan los mecanismos genéticos que rigen el crecimiento y la respuesta a la sequía en las plantas" . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
6. "Georgia Tech y RENCI de la UNC liderarán un esfuerzo importante que aplica soluciones de big data a los desafíos regionales | Facultad de Informática". www.cc.gatech.edu . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
7. "Aluru, Srinivas". AAAS - La sociedad científica general más grande del mundo . 29 de agosto de 2016. Consultado el 3 de diciembre de 2017 .