Sultan Alauddin Riayat Shah II ibni Almarhum Sultan Mahmud Shah (fallecido en 1564) fue el primer sultán de Johor y gobernó desde 1528 hasta 1564. Fundó el sultanato de Johor tras la caída de Malaca ante los portugueses en 1511. Fue el segundo hijo de Mahmud Shah de Malaca . Por tanto, Johor era un estado sucesor de Malaca y los sultanes de Johor siguen el sistema de numeración de Malaca. A lo largo de su reinado, se enfrentó a constantes amenazas de los portugueses, así como del emergente sultanato de Aceh . [ cita requerida ]
En 1529, Alauddin Riayat fundó su primera capital en Hujung Tanah, conocida como Pekan Tua, a 11 km río arriba de Kota Tinggi , tras la muerte de su padre. También se fundó un fuerte fluvial, Kota Kara, río abajo. En 1535, unos 400 soldados portugueses liderados por Estêvão da Gama invadieron Johor. Kota Kara fue bombardeada, pero los malayos resistieron el ataque. Después de unos días, las tropas portuguesas desembarcaron y bombardearon el fuerte, pero también tuvieron que retirarse. Alentados por este éxito inicial, los malayos abandonaron su fuerte y lanzaron un contraataque contra los portugueses. Sin embargo, los malayos se dispersaron por el fuego cruzado de los portugueses, lo que provocó que los portugueses capturaran y quemaran el fuerte.
Alauddin Riayat se retiró río arriba a Sayong Pinang, donde murió su oficial, Seri Nara Diraja. Alauddin Riayat regresó a Pekan Tua después de un corto período y lo reconstruyó. Pekan Tua fue atacada nuevamente por 400 tropas portuguesas bajo el mando de Estêvão da Gama, porque su hermano, Paulo da Gama , y otras 30 tropas portuguesas fueron asesinadas por los malayos . Después de este ataque, se firmó un tratado de paz entre Johor y los portugueses.
En 1540, Alauddin Riayat Shah trasladó su capital a Johor Lama , más cerca del estuario del río Johor.
Johor también se vio amenazada por Aceh, en el extremo norte de Sumatra. En 1539, Aru , el estado vasallo de Johor en la costa este de Sumatra, fue atacado por una flota de 160 barcos con 12.000 soldados compuestos por acehneses, malayos malacanos, malabares, gujaratis y turcos. Alauddin Riayat reunió una flota con la ayuda de sus aliados, Perak y Siak, y atacó Aru en 1540. Reconquistó Aru, dejando solo 14 barcos acehneses a flote y miles de tropas acehneses muertas en la batalla de Sungai Paneh. En 1564, el sultán de Aceh, Alauddin al-Kahar , derrotó a Aru y expulsó a los johorianos de Aru. Alauddin al-Kahar , luego lanzó un ataque a Johor Lama desde Aru. El fuerte y la ciudad fueron arrasados y Alauddin Riayat fue capturado y llevado de vuelta a Aceh. Más tarde fue asesinado y recibió el título póstumo de Marhum Syahid di Acheh . Fue sucedido por su hijo, Muzaffar Shah II .
Se casó con la princesa Kesuma Dewi de Pahang , hija de Mansur Shah de Pahang.