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ARN ribosómico 28S

Filogenias del ADN ribosómico mitocondrial 16S y nuclear 28S de tres especies de moluscos pertenecientes al género Waldo .

El ARN ribosómico 28S es el ARN ribosómico estructural (ARNr) de la subunidad grande (LSU) de los ribosomas citoplasmáticos eucariotas y, por lo tanto, uno de los componentes básicos de todas las células eucariotas. Tiene un tamaño de 25S en las plantas y 28S en los mamíferos, de ahí el alias de ARNr 25S–28S . [1]

Combinado con el ARNr 5.8S en el lado 5', es el homólogo nuclear eucariota del ARN ribosómico procariota 23S y mitocondrial 16S . [2] [3] [4]

Uso en filogenia

Los genes que codifican el ARNr 28S se denominan ADNr 28S. La comparación de las secuencias de estos genes se utiliza a veces en análisis molecular para construir árboles filogenéticos , por ejemplo en protistas , [5] hongos , [6] insectos , [7] arácnidos , [8] tardígrados , [9] y vertebrados . [10] [11]

Estructura

El ARNr 28S tiene una longitud típica de entre 4000 y 5000 nt. [12]

Algunos eucariotas dividen el ARNr 28S en dos partes antes de ensamblarlas en el ribosoma, un fenómeno denominado "ruptura oculta". [12]

Bases de datos

Varias bases de datos proporcionan alineaciones y anotaciones de secuencias de ARNr de LSU con fines comparativos :

Referencias

  1. ^ Lodish, Harvey F.; Darnell, James E. (1 de enero de 1995). Biología celular molecular . Libros de Scientific American. ISBN 978-0-7167-2380-6.OCLC 30783343  .
  2. ^ Eperon, IC; Anderson, S.; Nierlich, DP (31 de julio de 1980). "Secuencia distintiva de genes de ARN ribosómico mitocondrial humano". Nature . 286 (5772): 460–467. Bibcode :1980Natur.286..460E. doi :10.1038/286460a0. PMID  6157106. S2CID  4262269.
  3. ^ Doris, Stephen M.; Smith, Deborah R.; Beamesderfer, Julia N.; Raphael, Benjamin J.; Nathanson, Judith A.; Gerbi, Susan A. (octubre de 2015). "Secuencias universales y específicas de dominio en el ARN ribosómico 23S-28S identificadas mediante filogenética computacional". ARN . 21 (10): 1719–1730. doi : 10.1261/rna.051144.115 . PMC 4574749 . PMID  26283689. 
  4. ^ Lafontaine, DLJ; Tollervey, D. (2001). "La función y síntesis de los ribosomas". Nature Reviews Molecular Cell Biology . 2 (7): 514–520. doi :10.1038/35080045. hdl : 1842/729 . PMID  11433365. S2CID  2637106.
  5. ^ Baroin, A.; Perasso, R.; Qu, LH; Brugerolle, G.; Bachellerie, JP; Adoutte, A. (1988-05-01). "Filogenia parcial de los eucariotas unicelulares basada en la secuenciación rápida de una porción del ARN ribosómico 28S". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 85 (10): 3474–3478. Bibcode :1988PNAS...85.3474B. doi : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN  0027-8424. PMC 280234 . PMID  3368456. 
  6. ^ James, Timothy Y.; Kauff, Frank; Schoch, Conrad L.; Matheny, P. Brandon; Hofstetter, Valérie; Cox, Cymon J.; Celio, Gail; Gueidan, Cécile; Fraker, Emily (2006). "Reconstrucción de la evolución temprana de los hongos utilizando una filogenia de seis genes". Nature . 443 (7113): 818–822. Bibcode :2006Natur.443..818J. doi :10.1038/nature05110. PMID  17051209. S2CID  4302864.
  7. ^ Whiting, Michael F.; Carpenter, James C.; Wheeler, Quentin D.; Wheeler, Ward C. (1997-03-01). "El problema de los estrepsipteros: filogenia de los órdenes de insectos holometábolos inferida a partir de las secuencias de ADN ribosómico 18S y 28S y su morfología". Biología sistemática . 46 (1): 1–68. doi : 10.1093/sysbio/46.1.1 . ISSN  1063-5157. PMID  11975347.
  8. ^ Hedin, Marshal C.; Maddison, Wayne P. (marzo de 2001). "Un enfoque molecular combinado para la filogenia de la subfamilia Dendryphantinae (Araneae: Salticidae) de las arañas saltadoras". Filogenética molecular y evolución . 18 (3): 386–403. doi :10.1006/mpev.2000.0883. PMID  11277632.
  9. ^ Jørgensen, Aslak; Faurby, Søren; Hansen, Jesper G.; Møbjerg, Nadja; Kristensen, Reinhardt M. (1 de marzo de 2010). "Filogenia molecular de Arthrotardigrada (Tardigrada)". Filogenética molecular y evolución . 54 (3): 1006–1015. doi :10.1016/j.ympev.2009.10.006. PMID  19822216.
  10. ^ Le, Hoc Lanh Vân; Lecointre, Guillaume; Perasso, Roland (1993-03-01). "Una filogenia basada en el ARNr 28S de los gnatóstomos: primeros pasos en el análisis de conflictos y congruencia con cladogramas basados ​​en la morfología". Filogenética molecular y evolución . 2 (1): 31–51. doi :10.1006/mpev.1993.1005. PMID  8081546.
  11. ^ Mallatt, Jon; Sullivan, Jack (diciembre de 1998). "Las secuencias de ADNr 28S y 18S respaldan la monofilia de lampreas y mixinos". Biología molecular y evolución . 15 (12): 1706–1718. doi :10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897. PMID  9866205.
  12. ^ ab Natsidis, Paschalis; Schiffer, Philipp H.; Salvador-Martínez, Irepan; Telford, Maximilian J. (diciembre de 2019). "Descubrimiento computacional de roturas ocultas en ARN ribosómico 28S en eucariotas y consecuencias para los números de integridad del ARN". Scientific Reports . 9 (1): 19477. Bibcode :2019NatSR...919477N. doi : 10.1038/s41598-019-55573-1 . PMC 6925239 . PMID  31863008. 
  13. ^ "Proyecto de base de datos ribosomal". Versión 11 de RDP, actualización 5. 30 de septiembre de 2016. Archivado desde el original el 19 de agosto de 2020. Consultado el 31 de diciembre de 2016 .
  14. ^ Olsen, GJ; Overbeek, R.; Larsen, N.; Marsh, TL; McCaughey, MJ; Maciukenas, MA; Kuan, W.-M.; Macke, TJ; Xing, Y. (11 de mayo de 1992). "El proyecto de base de datos ribosomal". Investigación de ácidos nucleicos . 20 (suppl): 2199–2200. doi :10.1093/nar/20.suppl.2199. ISSN  0305-1048. PMC 333993 . PMID  1598241. 
  15. ^ Cole, James R.; Wang, Qiong; Fish, Jordan A.; Chai, Benli; McGarrell, Donna M.; Sun, Yanni; Brown, C. Titus; Porras-Alfaro, Andrea; Kuske, Cheryl R. (1 de enero de 2014). "Proyecto de base de datos ribosomal: datos y herramientas para el análisis de ARNr de alto rendimiento". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (D1): D633–D642. doi :10.1093/nar/gkt1244. ISSN  0305-1048. PMC 3965039 . PMID  24288368. 
  16. ^ Quast, C.; Pruesse, E.; Yilmaz, P.; Gerken, J.; Schweer, T.; Yarza, P.; Peplies, J.; Glockner, FO (1 de enero de 2013). "El proyecto de base de datos de genes de ARN ribosomal SILVA: procesamiento de datos mejorado y herramientas basadas en la web". Investigación de ácidos nucleicos . 41 (D1): D590–D596. doi :10.1093/nar/gks1219. ISSN  0305-1048. PMC 3531112 . PMID  23193283.