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ARN ribosómico 28S

Filogenias del ADN ribosómico mitocondrial 16S y nuclear 28S de tres especies de moluscos pertenecientes al género Waldo .

El ARN ribosómico 28S es el ARN ribosómico estructural (ARNr) de la subunidad grande (LSU) de los ribosomas citoplasmáticos eucariotas y, por tanto, uno de los componentes básicos de todas las células eucariotas. Tiene un tamaño de 25S en plantas y 28S en mamíferos, de ahí el alias de 25S-28S rRNA . [1]

Combinado con el ARNr 5.8S en el lado 5', es el homólogo nuclear eucariótico de los ARN ribosómicos procarióticos 23S y mitocondriales 16S . [2] [3] [4]

Uso en filogenia

Los genes que codifican el ARNr 28S se denominan ADNr 28S. La comparación de las secuencias de estos genes se utiliza a veces en análisis molecular para construir árboles filogenéticos , por ejemplo en protistas , [5] hongos , [6] insectos , [7] arácnidos , [8] tardígrados , [9] y vertebrados . [10] [11]

Estructura

El ARNr 28S suele tener entre 4000 y 5000 nt de longitud. [12]

Algunos eucariotas escinden el ARNr 28S en dos partes antes de ensamblarlas en el ribosoma, un fenómeno denominado "rotura oculta". [12]

Bases de datos

Varias bases de datos proporcionan alineaciones y anotaciones de secuencias de ARNr de LSU con fines comparativos :

Referencias

  1. ^ Lodish, Harvey F.; Darnell, James E. (1 de enero de 1995). Biología celular molecular . Libros científicos americanos. ISBN 978-0-7167-2380-6. OCLC  30783343.
  2. ^ Eperon, IC; Anderson, S.; Nierlich, DP (31 de julio de 1980). "Secuencia distintiva de genes de ARN ribosómico mitocondrial humano". Naturaleza . 286 (5772): 460–467. Código Bib :1980Natur.286..460E. doi :10.1038/286460a0. PMID  6157106. S2CID  4262269.
  3. ^ Doris, Stephen M.; Smith, Deborah R.; Beamesderfer, Julia N.; Rafael, Benjamín J.; Nathanson, Judith A.; Gerbi, Susan A. (octubre de 2015). "Secuencias universales y específicas de dominio en el ARN ribosómico 23S-28S identificadas mediante filogenética computacional". ARN . 21 (10): 1719-1730. doi : 10.1261/rna.051144.115 . PMC 4574749 . PMID  26283689. 
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  5. ^ Baroin, A.; Perasso, R.; Qu, LH; Brugerolle, G.; Bachellerie, JP; Adoutte, A. (1 de mayo de 1988). "Filogenia parcial de los eucariotas unicelulares basada en la secuenciación rápida de una porción de ARN ribosómico 28S". Procedimientos de la Academia Nacional de Ciencias . 85 (10): 3474–3478. Código bibliográfico : 1988PNAS...85.3474B. doi : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN  0027-8424. PMC 280234 . PMID  3368456. 
  6. ^ James, Timothy Y.; Kauff, Frank; Schoch, Conrad L.; Matheny, P. Brandon; Hofstetter, Valérie; Cox, Cymon J.; Celio, Gail; Gueidan, Cécile; Fraker, Emily (2006). "Reconstrucción de la evolución temprana de los hongos utilizando una filogenia de seis genes". Naturaleza . 443 (7113): 818–822. Código Bib :2006Natur.443..818J. doi : 10.1038/naturaleza05110. PMID  17051209. S2CID  4302864.
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  9. ^ Jørgensen, Aslak; Faurby, Søren; Hansen, Jesper G.; Møbjerg, Nadja; Kristensen, Reinhardt M. (1 de marzo de 2010). "Filogenia molecular de Arthrotardigrada (Tardigrada)". Filogenética molecular y evolución . 54 (3): 1006-1015. doi :10.1016/j.ympev.2009.10.006. PMID  19822216.
  10. ^ Le, Hoc Lanh Vân; Lecointre, Guillaume; Perasso, Roland (1 de marzo de 1993). "Una filogenia de los gnatóstomos basada en el ARNr 28S: primeros pasos en el análisis del conflicto y la congruencia con cladogramas de base morfológica". Filogenética molecular y evolución . 2 (1): 31–51. doi :10.1006/mpev.1993.1005. PMID  8081546.
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  12. ^ ab Natsidis, Paschalis; Schiffer, Philipp H.; Salvador-Martínez, Irepan; Telford, Maximilian J. (diciembre de 2019). "Descubrimiento computacional de roturas ocultas en los ARN ribosómicos 28S en eucariotas y consecuencias para los números de integridad del ARN". Informes científicos . 9 (1): 19477. Código bibliográfico : 2019NatSR...919477N. doi : 10.1038/s41598-019-55573-1 . PMC 6925239 . PMID  31863008. 
  13. ^ "Proyecto de base de datos ribosómica". RDP versión 11, actualización 5 . 30 de septiembre de 2016. Archivado desde el original el 19 de agosto de 2020 . Consultado el 31 de diciembre de 2016 .
  14. ^ Olsen, GJ; Overbeek, R.; Larsen, N.; Pantano, TL; McCaughey, MJ; Maciukenas, MA; Kuan, W.-M.; Macke, TJ; Xing, Y. (11 de mayo de 1992). "El proyecto de base de datos ribosómica". Investigación de ácidos nucleicos . 20 (suplemento): 2199–2200. doi :10.1093/nar/20.suppl.2199. ISSN  0305-1048. PMC 333993 . PMID  1598241. 
  15. ^ Cole, James R.; Wang, Qiong; Pescado, Jordania A.; Chai, Benli; McGarrell, Donna M.; Sol, Yanni; Brown, C. Tito; Porras-Alfaro, Andrea; Kuske, Cheryl R. (1 de enero de 2014). "Proyecto de base de datos ribosómica: datos y herramientas para análisis de ARNr de alto rendimiento". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (D1): D633–D642. doi : 10.1093/nar/gkt1244. ISSN  0305-1048. PMC 3965039 . PMID  24288368. 
  16. ^ Quast, C.; Pruesse, E.; Yilmaz, P.; Gerken, J.; Schweer, T.; Yarza, P.; Peplies, J.; Glockner, FO (1 de enero de 2013). "El proyecto de base de datos de genes de ARN ribosómico SILVA: procesamiento de datos mejorado y herramientas basadas en web". Investigación de ácidos nucleicos . 41 (D1): D590-D596. doi : 10.1093/nar/gks1219. ISSN  0305-1048. PMC 3531112 . PMID  23193283.