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Análisis de similitudes

El análisis de similitudes (ANOSIM) es una prueba estadística no paramétrica ampliamente utilizada en el campo de la ecología . La prueba fue sugerida por primera vez por KR Clarke [1] como una prueba similar a ANOVA , donde en lugar de operar sobre datos brutos , opera sobre una matriz de disimilitud clasificada.

Dada una matriz de diferencias de rango entre un conjunto de muestras, cada una de las cuales pertenece a un solo sitio (por ejemplo, un solo grupo de tratamiento ), el ANOSIM prueba si podemos rechazar la hipótesis nula de que la similitud entre sitios es mayor o igual a la similitud dentro de cada sitio.

La estadística de prueba R se calcula de la siguiente manera:

donde r B es el promedio de similitudes de rango de pares de muestras (o réplicas) originadas en diferentes sitios, r W es el promedio de similitud de rango de pares entre réplicas dentro de los sitios, y M  =  n ( n  − 1)/2 donde n es el número de muestras.

La estadística de prueba R está restringida entre los valores −1 a 1, donde los números positivos sugieren más similitud dentro de los sitios y los valores cercanos a cero representan que no hay diferencia entre los sitios y las similitudes dentro de los sitios. Los valores R negativos sugieren más similitud entre los sitios que dentro de los sitios y pueden aumentar la posibilidad de una asignación incorrecta de muestras a los sitios.

Para el propósito de la prueba de hipótesis , donde la hipótesis nula es que las similitudes dentro de los sitios son menores o iguales a las similitudes entre los sitios, la estadística R se compara generalmente con un conjunto de valores R′ que se logran por medio de la mezcla aleatoria de etiquetas de sitios entre las muestras y el cálculo del R′ resultante , repetido muchas veces. El porcentaje de veces que el R real superó los valores R′ derivados de las permutaciones es el valor p para la estadística R real .

La clasificación de disimilitud en ANOSIM y NMDS (escalamiento multidimensional no métrico) van de la mano. La combinación de ambos métodos complementa la visualización de las diferencias entre grupos junto con las pruebas de significación . [2]

ANOSIM se implementa en varios programas estadísticos, incluidos PRIMER, el paquete R Vegan [3] y PAST.

Referencias

  1. ^ Clarke, KR (1993). "Análisis multivariados no paramétricos de cambios en la estructura de la comunidad". Ecología Austral . 18 (1): 117–143. doi :10.1111/j.1442-9993.1993.tb00438.x. ISSN  1442-9985.
  2. ^ Buttigieg, Pier Luigi; Ramette, Alban (2014). "Una guía para el análisis estadístico en ecología microbiana: una revisión viva y centrada en la comunidad de análisis de datos multivariados". FEMS Microbiology Ecology . 90 (3): 543–550. doi : 10.1111/1574-6941.12437 . hdl : 21.11116/0000-0001-C4CA-E . ISSN  0168-6496. PMID  25314312.
  3. ^ "Vegan: un paquete R para ecologistas comunitarios" . Consultado el 13 de junio de 2023 .

Enlaces externos