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La base de datos de dominios interactivos tridimensionales ( 3did ) es una base de datos biológica que contiene un catálogo de interacciones proteína-proteína para las cuales se conoce una estructura 3D de alta resolución. [1] 3did recopila y clasifica todos los modelos estructurales de interacciones dominio-dominio en el Protein Data Bank , proporcionando detalles moleculares para dichas interacciones. 3did utiliza la base de datos Pfam para definir la posición de los dominios proteicos en las estructuras proteicas. 3did se publicó por primera vez en 2005. [2] La versión actual también incluye un canal para el descubrimiento y anotación de nuevas interacciones entre dominio y motivo. Para cada interacción, 3did identifica y agrupa diferentes modos de enlace agrupando interfaces similares en "topologías de interacción". Al mantener una colección constantemente actualizada de plantillas de interacción estructural basadas en dominios, 3did es una fuente de información de referencia para la caracterización estructural de redes de interacción de proteínas. 3did se actualiza cada seis meses y está disponible para descarga masiva y navegación en http://3did.irbbarcelona.org. [3]

Ver también

Referencias

  1. ^ ab Stein, Amelie; Céol Arnaud; Aloy Patrick (enero de 2011). "3did: identificación y clasificación de interacciones basadas en dominios de estructuras tridimensionales conocidas". Ácidos nucleicos Res . 39 (Problema de la base de datos). Inglaterra: D718–23. doi : 10.1093/nar/gkq962. PMC  3013799 . PMID  20965963.
  2. ^ Stein, A; Russell, RB; Aloy, P (2005). "3did: dominios proteicos que interactúan de estructura tridimensional conocida". Investigación de ácidos nucleicos . 33 (Problema de la base de datos): D413–7. doi : 10.1093/nar/gki037. PMC 539991 . PMID  15608228. 
  3. ^ Mosca, R; Celol, A; Stein, A; Olivella, R; Aloy, P (2014). "3did: un catálogo de interacciones basadas en dominios de estructura tridimensional conocida". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (Problema de la base de datos): D374–9. doi : 10.1093/nar/gkt887. PMC 3965002 . PMID  24081580. 

enlaces externos