El Trofeo de la Liga de Fútbol 2008-09 , conocido como el Trofeo Johnstone's Paint 2008-09 por razones de patrocinio, es el 28.º Trofeo de la Liga de Fútbol , una competición eliminatoria para los clubes de fútbol ingleses de las Ligas Uno y Dos , la tercera y cuarta división del fútbol inglés. Luton Town ganó la competición, venciendo a Scunthorpe United por 3-2 después de la prórroga en la final . Sin embargo, Luton no pudo defender su trofeo ya que descendió de la Liga de Fútbol al final de la temporada.
El formato fue el mismo que se venía utilizando desde 1996 , con cuatro regiones en la primera ronda (Noroeste, Nordeste, Suroeste y Sudeste) y un formato de dos regiones a partir de la segunda ronda (Norte y Sur). Los ganadores regionales resultantes se enfrentarán en la final.
El sorteo de la primera ronda se realizó el 16 de agosto de 2008. Primero se sortearon los equipos que pasarían a la segunda ronda y los equipos restantes se sortearon para los partidos de la primera ronda. Los partidos de la primera ronda se jugaron en la semana que comenzó el 1 de septiembre de 2008.
El sorteo de la segunda ronda se realizó el 6 de septiembre de 2008 y los partidos se jugaron durante la semana que comenzó el 6 de octubre de 2008.
El sorteo de los cuartos de final de la zona se realizó el 11 de octubre de 2008. Los partidos se jugaron durante la semana que comenzó el 3 de noviembre de 2008, con la excepción del partido entre Brighton & Hove Albion y Swindon Town , que se jugó el 12 de noviembre de 2008.
El sorteo de las semifinales de zona se realizó el 8 de noviembre de 2008 y los partidos se jugaron durante la semana que comenzó el 15 de diciembre de 2008.
Las finales de la zona, que sirven como semifinales de toda la competición, se disputan a dos partidos, de ida y vuelta. Los partidos de ida se jugaron el 20 de enero de 2009 y los de vuelta el 17 de febrero de 2009.
Scunthorpe United ganó 3-0 en el global.
Brighton & Hove Albion 1-1 Luton Town en el global. Luton Town ganó 4-3 en los penaltis.