La Copa de Eslovaquia 2008-09 fue la 40.ª temporada de la competición eliminatoria anual de Eslovaquia [1] y la 16.ª desde la independencia de Eslovaquia . Comenzó el 5 de agosto de 2008 con los partidos de primera ronda y finalizó el 20 de mayo de 2009 con la final. Los ganadores de la competición obtuvieron un lugar en la tercera ronda de clasificación de la UEFA Europa League. Artmedia Petržalka fueron los campeones defensores.
Los partidos se jugaron alrededor del 5 de agosto de 2008.
Los partidos se jugaron alrededor del 16 de septiembre de 2008.
Los partidos se jugaron el 24 de septiembre de 2008 (1 partido), el 30 de septiembre de 2008 (4 partidos), el 1 de octubre de 2008 (2 partidos) y el 21 de octubre de 2008 (1 partido).
Los partidos de ida se jugaron los días 21 y 22 de octubre de 2008, a excepción del Žilina – Slovan, que se jugó el 4 de marzo de 2009. Los partidos de vuelta se jugaron el 4 de noviembre de 2008, a excepción del Slovan – Žilina, que se jugó el 18 de marzo. 2009.
Los partidos de ida se jugaron el 22 de abril de 2009. Los partidos de vuelta se jugaron el 5 de mayo de 2009.