La Copa de Fútbol de Lituania 2008-09 fue la vigésima temporada del torneo anual de fútbol de Lituania . La competición comenzó el 7 de mayo de 2008 con los partidos de la Primera Ronda y finalizó el 16 de mayo de 2009 con la Final. Los campeones defensores fueron Kaunas .
En esta ronda participaron 38 equipos de la tercera, cuarta y quinta división lituana. Los partidos se jugaron del 7 al 11 de mayo de 2008.
1 Equipos no llegaron al terreno de juego.
En esta ronda participaron 19 ganadores de la ronda anterior y 5 equipos de la segunda división lituana (LFF I lyga). Los partidos se jugaron del 1 al 6 de junio de 2008.
En esta ronda participaron los ganadores de la ronda anterior, así como otros 4 equipos de la LFF I lyga. Los partidos se jugaron del 2 al 9 de julio de 2008.
En esta ronda participaron los ganadores de la ronda anterior junto con los 2 equipos restantes de la LFF I lyga y los 6 equipos de la LFF Lyga de 2007 peor clasificados . 2 de 6 2007 LFF Lyga descendieron a la segunda división lituana, mientras que el resto permaneció en la A lyga. Los partidos se jugaron del 20 al 27 de agosto de 2008.
Esta ronda contó con los ganadores de la ronda anterior. Los partidos se jugaron del 12 al 17 de septiembre de 2008.
En esta ronda participaron los ganadores de la ronda anterior y los equipos que quedaron del primero al cuarto lugar en 2007 LFF Lyga . Los partidos se jugaron el 1 de octubre de 2008.
Los partidos de ida se jugaron el 8 de abril de 2009. Los partidos de vuelta se jugaron el 22 de abril de 2009.