La Serie C1 2006-07 fue la vigésimo novena edición de la Serie C1 , la tercera liga más importante del sistema de ligas de fútbol italiano . Se dividió en dos fases: la temporada regular , que se jugó del 3 de septiembre de 2006 al 13 de mayo de 2007, y la fase de playoffs. Una vez finalizada la temporada regular, los equipos ubicados del 2.º al 5.º lugar participaron en un playoff para determinar el segundo equipo de cada división que ascendería a la Serie B. Al mismo tiempo, los equipos ubicados del 14.º al 17.º lugar participaron en un playoff por el derecho a permanecer en la Serie C1 la temporada siguiente.
Como es habitual, la Serie C1 estuvo compuesta por dos divisiones, cuyos equipos se dividieron geográficamente. La División C1/A estuvo compuesta principalmente por equipos del norte de Italia , mientras que la División C1/B incluyó principalmente equipos del centro y sur de Italia . Ningún equipo de las islas principales de Cerdeña o Sicilia participó en la Serie C1 2006-07, ya que los únicos dos elegibles para participar en ella, Gela y Sassari Torres , fueron excluidos debido a problemas financieros.
Los equipos que terminaron primeros en la temporada regular, más un equipo que ganó la ronda de playoffs de cada división ascendieron a la Serie B ; los equipos que terminaron últimos en la temporada regular, más dos perdedores de los playoffs de descenso de cada división descendieron a la Serie C2 . En total, cuatro equipos ascendieron a la Serie B y seis equipos descendieron a la Serie C2.
Pisa asciende a la Serie B
Ivrea y Pizzighettone descendieron a la Serie C2
El Avellino asciende a la Serie B
San Marino y Teramo descienden a la Serie C2