El Superprestige 2006-2007 tuvo lugar entre el 15 de octubre de 2006 y el 17 de febrero de 2007.
Los 15 primeros clasificados de cada carrera suman puntos, que van desde los 15 puntos del ganador hasta un punto para el número 15. Las excepciones fueron Asper-Gavere y Diegem, donde los puntos se duplicaron: 30 para el primero, 28 para el segundo y así sucesivamente hasta los 2 puntos para el número 15.