La Copa de Bélgica 2006-07 fue la 52.ª edición de la Copa de Bélgica , la principal competición eliminatoria de fútbol de Bélgica , ganada por el Club Brugge .
En esta fase participan los equipos de la primera división , excepto el recién ascendido Mons , que tuvo que empezar en la cuarta ronda y perdió inmediatamente contra el URS du Centre . Los equipos de la primera división que participan en esta fase son cabezas de serie y no pueden enfrentarse entre sí, excepto el equipo que acabó en la 17ª posición la temporada pasada, el Lierse . Además de los 17 equipos clasificados directamente, otros 15 equipos se clasificaron tras ganar en la quinta ronda: