La Copa de Eslovaquia 2006-07 fue la 38.ª temporada de la competición anual de copa eliminatoria de Eslovaquia [1] y la decimocuarta desde la independencia de Eslovaquia . Comenzó el 1 de agosto de 2006 con los partidos de la primera ronda y finalizó el 8 de mayo de 2007 con la final. Los ganadores de la competición obtuvieron un lugar en la primera ronda de clasificación de la Copa de la UEFA. El MFK Ružomberok fue el campeón defensor.
Los dos partidos se jugaron el 1 de agosto de 2006.
Los dos partidos se jugaron el 5 de septiembre de 2006, los doce partidos el 12 y 13 de septiembre de 2006 y los dos partidos se jugaron el 10 de octubre de 2006.
Los siete partidos se jugaron el 24 y 25 de octubre de 2006 y el partido Artmedia Bratislava – Rimavská Sobota se jugó el 7 de noviembre de 2006.
El partido Artmedia Bratislava – MŠK Žilina se jugó el 3 de abril de 2007 y los tres partidos se jugaron el 4 de abril de 2007.
Los partidos de ida se jugaron el 17 de abril de 2007. Los partidos de vuelta se jugaron el 25 de abril de 2007.