La temporada 2006-07 de la Segunda División es la decimotercera temporada de la Segunda División escocesa en su formato actual de diez equipos.
Greenock Morton ascendió a la Primera División como campeón de la Liga. Stirling Albion , Raith Rovers y Brechin City participan en los playoffs de ascenso/descenso por un lugar en la Primera División junto con Airdrie United, que terminó segundo desde abajo en la Primera División.
Forfar Athletic descendió a la Tercera División, mientras que Stranraer entra en los playoffs de ascenso/descenso con los equipos segundo, tercero y cuarto clasificados de la Tercera División: Arbroath , Queen's Park y East Fife respectivamente.
Descendido de Primera División a Segunda División
Ascenso de Segunda División a Primera División
Descenso de Segunda División a Tercera División
Ascenso de Tercera División a Segunda División
A continuación se muestran las asistencias medias de los clubes de Segunda División para la temporada 2006/07:
El equipo que quedó en noveno lugar en la Segunda División jugó con el equipo que quedó en cuarto lugar en la Tercera División y el equipo que quedó en tercer lugar en la Segunda División jugó con el equipo que quedó en segundo lugar en la Segunda División. Los play-offs se jugaron a ida y vuelta, y el equipo ganador de cada semifinal avanzó a la final.
Primeras piernas
Segundas piernas
Los dos ganadores de las semifinales se enfrentaron entre sí en partidos de ida y vuelta. El equipo ganador obtuvo un lugar en la Segunda División 2008-09 .
Partido de ida
Segunda etapa
Queen's Park ascendió a la Segunda División