La Scottish Challenge Cup 2006-07 fue la 16.ª temporada de la competición, en la que compitieron los 30 miembros de la Scottish Football League .
Ross County y Clyde fueron los finalistas, la final se jugó en McDiarmid Park , Perth y fue ganada en los penaltis por Ross County.
Alloa Athletic recibió un pase aleatorio a la segunda ronda.
Fuente: ESPN Soccernet Archivado el 26 de octubre de 2012 en Wayback Machine.
Clyde recibió un pase aleatorio a la segunda ronda.
Fuente: ESPN Soccernet Archivado el 26 de octubre de 2012 en Wayback Machine.
Fuente: ESPN Soccernet Archivado el 26 de octubre de 2012 en Wayback Machine.