La Copa de Fútbol de Bosnia y Herzegovina 2005-06 fue la duodécima temporada de la copa anual de fútbol de Bosnia y Herzegovina y la sexta temporada de la competición unificada. La competición comenzó el 21 de septiembre de 2005 con la primera ronda y concluyó el 3 de mayo de 2006 con la final.
Treinta y dos equipos participaron en la primera ronda. Los partidos se jugaron los días 21 de septiembre, 4 y 11 de octubre de 2005.
Los 16 ganadores de la ronda anterior entran en esta ronda. Los partidos de ida se jugaron el 19 de octubre y los partidos de vuelta el 26 de octubre de 2005.
Los ocho ganadores de la ronda anterior entran en esta ronda. Los partidos de ida se jugaron el 9 de noviembre y los partidos de vuelta el 16 de noviembre de 2005.
Los cuatro ganadores de la ronda anterior entran en esta ronda. Los partidos de ida se jugarán el 29 de marzo y los partidos de vuelta el 12 de abril de 2006.
Orašje ganó 3-0 en el global.