La Liga Premier de Malta 2003-04 fue la 25.ª temporada de la Liga Premier de Malta y la 90.ª temporada del fútbol de primera división de Malta. La liga comenzó el 7 de septiembre de 2004 y finalizó el 8 de mayo de 2005. El Sliema Wanderers defendió con éxito el triunfo de la temporada pasada, superando el récord de títulos de liga del Floriana de 25 campeonatos.
Los siguientes equipos ascendieron desde la Primera División al inicio de la temporada:
De la temporada anterior de la Premier League, los siguientes equipos descendieron a la Primera División:
Los equipos que ocuparon las seis primeras posiciones de la clasificación se clasificaron para el Top Six, y los puntos obtenidos durante la primera fase se redujeron a la mitad (y se redondearon hacia arriba) antes del inicio de la segunda fase. Como resultado, los equipos comenzaron con los siguientes puntos antes de la segunda fase: Sliema Wanderers 21 puntos, Valletta 18, Hibernians 18, Birkirkara 17, Marsaxlokk 15 y Floriana 13.
Los equipos que terminaron en las últimas cuatro posiciones de la liga pasaron a la fase de play-out y al final de la fase los dos equipos peor ubicados descendieron a la Primera División. Los puntos obtenidos durante la primera fase se redondearon a la mitad antes del inicio de la segunda fase. Como resultado, los equipos comenzaron con los siguientes puntos antes de la segunda fase: Pietà Hotspurs 10 puntos, Msida Saint-Joseph 8, St. Patrick 5, Lija Athletic 4.
