La Copa Chatham de 2003 fue la 76.ª competición eliminatoria anual de fútbol a nivel nacional en Nueva Zelanda .
Hasta los octavos de final, la copa se disputó en tres regiones (norte, centro y sur), con sorteo abierto a partir de los cuartos de final. En total, participaron 131 equipos en la competición. La competición constó de una ronda preliminar y cinco rondas propiamente dichas antes de los cuartos de final, las semifinales y la final. En los encuentros que terminaron empatados se disputó una prórroga con gol de oro .
Derek Rugg se convirtió en el primer árbitro desde G. Jackson en los años 1920 y 1930 en dirigir tres finales de la Copa Chatham, habiendo arbitrado previamente las finales de 2000 y 2002. En la final, University-Mount Wellington sometió a Melville United y ganó 3-1.
La Copa Jack Batty Memorial se otorga al jugador que haya tenido el impacto más positivo en la final de la Copa Chatham. La ganadora de la Copa Jack Batty Memorial de 2003 fue Kara Waetford de la Universidad Mount Wellington .