La temporada 2003-04 de la Segunda División de Chipre fue la 49.ª temporada de la segunda división de fútbol de Chipre . El Nea Salamina ganó su cuarto título.
En la temporada 2003-04 participaron catorce equipos de la Segunda División de Chipre. Todos los equipos se enfrentaron entre sí dos veces, una en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los tres primeros equipos ascendieron a la Primera División de Chipre 2004-05 y los tres últimos descendieron a la Tercera División de Chipre 2004-05 .
Equipos ascendidos a la Primera División de Chipre 2003-04
Equipos descendidos de la Primera División de Chipre 2002-03
Equipos ascendidos de la Tercera División de Chipre 2002-03
Equipos descendidos a la Tercera División de Chipre 2003-04