La temporada 2003-04 del Top 16 fue la máxima categoría del rugby de clubes francés en 2003-04. La competición contó con la participación de 16 equipos. En la primera fase se jugaron dos grupos de 8. Los 4 primeros de cada grupo fueron admitidos en el "top 8" para disputar el título, mientras que los otros 4 participaron en un torneo de descenso.
(3 puntos por victoria, 2 puntos por empate, 1 punto por derrota)
La suma total de los puntos obtenidos por los equipos en la primera ronda y los puntos obtenidos en los partidos disputados con los 4 equipos del otro grupo (local y visitante).
Dos grupos de 4 equipos. Los dos primeros de cada grupo se clasificaron para las semifinales. Ellos y el tercero también se clasificaron para la Copa Heineken 2004-05