La Liga de Campeones Femenina de la EHF 1999-2000 fue la octava edición de la era moderna de la principal competición de la EHF para clubes de balonmano femenino , que se celebró del 7 de octubre de 2000 al 23 de mayo de 2001. Krim Ljubljana derrotó al Viborg HK en la final para convertirse en el primer equipo esloveno en ganar la competición, [1] con Budućnost Podgorica y Ferencvárosi TC también alcanzando las semifinales. El campeón defensor Hypo Niederösterreich no pasó de la fase de grupos. [2]