La temporada 1999-2000 de la Segunda Liga de la República Federativa de Yugoslavia ( en serbio : Druga liga SR Jugoslavije 1999/2000 ) consistió en tres grupos de 18 equipos.
En un principio, se pretendía que ascendieran 14 equipos de 7 grupos de la Tercera División, pero al final sólo quedaron 13 equipos (de los cuales sólo uno era del Grupo Timok). No fue necesario descender a ningún equipo de la Segunda División Este, ya que el Estrella Roja Gnjilane ya se había retirado.
Debido a la formación del Grupo Sur ( Montenegro ), ningún equipo descendió al Grupo Oeste.
El Crvena Zvezda Gnjilane se retiró al inicio de la temporada