El Campeonato de Francia de Rugby Union 1999-2000 se disputó entre 24 equipos, divididos en la fase preliminar en dos grupos de 12. Los dos primeros equipos de cada grupo accedían directamente a los cuartos de final. Los equipos clasificados del 3.º al 6.º puesto de cada grupo accedían a una ronda de Barrage. Los cuatro ganadores también accedían a los cuartos de final.
El Stade Français se alzó con el título al vencer en la final al Colomiers (en la primera final de su historia). Fue la segunda victoria del Stade Français en la era profesional.
Al final de la temporada, cuatro equipos descendieron a divisiones inferiores: Montauban , Toulon , Racing de París y Nîmes . Solo hubo un ascenso desde segunda división ( Béziers ), con el fin de reducir a 21 el número de clubes en primera división en la temporada 1999-2000 y a 16 en la temporada 2000-01.
Debido a un impago de 10 millones de francos franceses, la Ligue Nationale de Rugby relegó el 24 de junio de 2000 al RC Toulon a la segunda división.
Se organizó un partido de Barrage entre Aurillac y Racing Paris . Ganó Aurillac, que sigue en primera división.