La Copa Checa 1999-2000 fue la séptima edición del torneo eliminatorio anual de fútbol organizado por la Asociación Checa de Fútbol de la República Checa .
El Slovan Liberec se impuso en la Copa del 10 de mayo de 2000 y se clasificó para la Copa de la UEFA 2000-01 .
En la ronda preliminar participaron 44 equipos.
En esta fase participaron 74 equipos. Además de los 22 ganadores de la ronda preliminar, estos equipos disputaron 48 partidos para clasificarse para la segunda ronda.
Čelákovice fue el único equipo de la cuarta división que participó en la cuarta ronda.
Los cuartos de final se jugaron el 12 de abril de 2000.
Las semifinales se jugaron el 2 y 3 de mayo de 2000.