La Primera Liga de Fútbol de Croacia 1999-2000 fue la novena temporada de la Primera Liga de Fútbol de Croacia , el campeonato nacional de equipos de fútbol masculino de Croacia , desde su creación en 1992. La temporada comenzó el 24 de julio de 1999 y finalizó el 13 de mayo de 2000. El Dinamo Zagreb (Croacia Zagreb en la temporada de otoño) fue el campeón defensor, habiendo ganado su noveno título de campeonato la temporada anterior, y defendió el título nuevamente, después de una victoria contra Rijeka el 6 de mayo de 2000.
El calendario constaba de tres rondas. Durante las dos primeras rondas, cada equipo se enfrentó una vez en casa y fuera para un total de 22 partidos. Los emparejamientos de la tercera ronda se establecieron según la clasificación después de las dos primeras rondas, dando a cada equipo un tercer juego contra cada oponente para un total de 33 juegos por equipo.
