La temporada 1999-2000 de la Liga Nacional Suiza contó con dos divisiones, cada una con doce clubes. La primera división se denominó Liga Nacional A (NLA) ( en francés : Ligue Nationale A , en italiano : Lega Nazionale A ) y la segunda división se denominó Liga Nacional B (NLB).
La temporada se dividió en dos fases. La primera de ellas fue la fase de clasificación, y dentro de las divisiones los equipos jugaron una doble ronda , una en casa y otra fuera. A continuación, las divisiones se dividieron. Los primeros ocho equipos de la NLA compitieron entonces en el grupo del campeonato y jugaron otra ronda doble. Los equipos en la novena a la duodécima posición compitieron con los cuatro mejores equipos de la NLB en un grupo de ascenso/descenso para decidir qué cuatro equipos jugarían en la primera división la próxima temporada. Los otros ocho equipos de la segunda división compitieron en un play-out contra el descenso a la 1. Liga y los dos últimos equipos debían descender.
Al final de la temporada, el FC St. Gallen ganó el campeonato.
Los ocho primeros equipos de la clasificación compitieron en la ronda del campeonato y se llevaron como bonificación la mitad de los puntos (redondeados al alza) obtenidos en la clasificación.
Los equipos ubicados entre la novena y la duodécima posición de la Nationalliga A compitieron con los cuatro mejores equipos de la Nationalliga B en una ronda de ascenso/descenso de la Nationalliga A/B.
Los ocho últimos equipos de la fase de clasificación se enfrentaron en el grupo de descenso contra el descenso a la 1. Liga. Los equipos se llevaron como bonificación la mitad de los puntos (redondeados al alza) obtenidos en la clasificación.