La temporada 1999-2000 de la NBL fue la 22.ª temporada de competición desde su creación en 1979. Un total de 11 equipos participaron en la liga. Los Newcastle Falcons se retiraron y fueron reemplazados por los Cairns Taipans .
La temporada regular 1999-2000 se desarrolló durante 24 rondas entre el 2 de octubre de 1999 y el 11 de marzo de 2000.
Actualizado a los partidos jugados el 11 de marzo de 2000. Fuente: NBL.com.au
El sistema de desempate de la NBL, tal como se describe en las Reglas y Regulaciones de la NBL, establece que en el caso de un récord idéntico de victorias y derrotas, los resultados de los juegos jugados entre los equipos determinarán el orden de clasificación.
1 enfrentamiento directo entre Adelaide 36ers (3-3), Townsville Crocodiles (3-3) y Perth Wildcats (3-3). Adelaide 36ers ganó a favor y en contra (+27), Townsville Crocodiles (+18), Perth Wildcats (-45).
Dos enfrentamientos cara a cara entre Wollongong Hawks (4-2), Canberra Cannons (3-3) y Sydney Kings (2-4).