La temporada 1999-2000 de la Liga Nacional Suiza constaba de dos divisiones, cada una con doce clubes. El nivel superior se llamó Nationalliga A (NLA) ( francés : Ligue Nationale A , italiano : Lega Nazionale A ) y el segundo nivel se llamó Nationalliga B (NLB).
La temporada se dividió en dos fases. La primera de ellas fue la fase de clasificación, y dentro de las divisiones los equipos jugaron a doble vuelta , uno en casa y otro fuera. Luego se dividieron las divisiones. Los primeros ocho equipos de la NLA compitieron luego en el grupo del campeonato y jugaron otro doble round-robin. Los equipos de la novena a la duodécima posición compitieron con los cuatro mejores equipos de la NLB en un grupo de ascenso/descenso para decidir qué cuatro equipos jugarían en la máxima categoría la próxima temporada. Los otros ocho equipos de la segunda división disputaron un play-out contra el descenso a la 1. Liga y los dos últimos equipos descendieron.
Al final de la temporada, el FC St. Gallen ganó el campeonato.
Los primeros ocho equipos de la clasificación compitieron luego en la Ronda de Campeonato. Se llevaron la mitad de los puntos (redondeados a unidades completas) obtenidos en la Clasificación como bonificación.
Los equipos de la novena a la duodécima posición de la Nationalliga A compitieron con los cuatro mejores equipos de la Nationalliga B en una ronda de ascenso/descenso de la Nationalliga A/B.
Los últimos ocho equipos de la fase de clasificación se enfrentaron en el grupo de descenso contra el descenso a la 1. Liga. Los equipos se llevaron la mitad de los puntos (redondeados a unidades completas) obtenidos en la clasificación como bonificación.