La Copa de Bélgica 1999-2000 fue la 45ª temporada de la principal competición eliminatoria del fútbol de la asociación belga , la Copa de Bélgica .
La fase final comenzó en los dieciseisavos de final cuando todos los clubes de primera división entraron a la competición (18 clubes más 14 clubes de la clasificación). [1] Todas las rondas se jugaron a un solo partido excepto las semifinales. El último partido se jugó en el estadio Heysel de Bruselas y lo ganó Genk contra Standard Liège .
*después de la prórroga