La Primera Liga de Fútbol de Eslovaquia 1999-2000 (conocida como Mars superliga por razones de patrocinio) fue la séptima temporada de la liga de fútbol de primera división en Eslovaquia , desde su creación en 1993. Comenzó el 24 de julio de 1999 y terminó el 17 de mayo de 2000. El ŠK Slovan Bratislava fue el campeón defensor.
Esta temporada fue la última en la que compitieron 16 equipos, ya que la Superliga de Marte decidió que la liga se reduciría a 10 equipos la temporada siguiente. Por lo tanto, siete equipos descendieron a la 2. Liga y solo uno ascendió desde la 2. Liga.
En total participaron en la liga 16 equipos, incluidos 14 equipos de la temporada 1998-99 y dos ascendidos de la 2. Liga.
FC Rimavská Sobota y BSC JAS Bardejov descendieron a la 2. Liga 1999-2000 . Los dos equipos descendidos fueron reemplazados por el FK DAC 1904 Dunajská Streda y el FK VTJ Koba Senec .
