La Copa de Eslovaquia 1999-2000 fue la 31.ª temporada de la competición anual de copa eliminatoria de Eslovaquia [1] y la séptima desde la independencia de Eslovaquia . Comenzó el 25 de julio de 1999 con los partidos de la ronda preliminar y terminó el 8 de mayo de 2000 con la final. Los ganadores de la competición obtuvieron un lugar en la primera ronda de la Copa de la UEFA. El Slovan Bratislava fue el campeón defensor.
Los partidos de ida se jugaron el 25 de julio de 1999. Los partidos de vuelta se jugaron el 4 de agosto de 1999.
Los partidos se jugaron los días 21 y 22 de septiembre de 1999.
Los partidos se jugaron el 12 de octubre de 1999.
Los partidos se jugaron el 26 de octubre de 1999.
Los partidos de ida se jugaron el 4 de abril de 2000. Los partidos de vuelta se jugaron el 18 de abril de 2000.