La Copa de Liechtenstein 1999-2000 fue la quincuagésima quinta temporada de la competición de copa anual de Liechtenstein . Siete clubes compitieron con un total de quince equipos por un puesto en la ronda de clasificación de la Copa de la UEFA. El campeón defensor fue el FC Vaduz , que ha ganado la copa de forma ininterrumpida desde 1998.