La Copa Femenina de Alemania 1999-2000 fue la vigésima edición de la Copa, el segundo título más importante del fútbol femenino alemán. La primera ronda de la competición se celebró del 22 al 25 de agosto de 1999. En la final, que se celebró en Berlín el 6 de mayo de 2000, el FFC Frankfurt derrotó al Sportfreunde Siegen por 2-1, defendiendo así el título de la temporada anterior y consiguiendo así su segundo título.
* Windhorst Drosendorf y Ahrbach retiraron sus equipos. Núremberg y Saarbücken avanzaron a la siguiente ronda.
* Hertha Zehlendorf retiró su equipo. Brauweiler Pulheim pasó así a la siguiente ronda.