La Superliga ugandesa de 1999 fue la 32.ª temporada del campeonato oficial de fútbol de Uganda, la liga de fútbol de máximo nivel del país.
La Superliga de Uganda de 1999 fue disputada por 20 equipos y fue ganada por SC Villa , mientras que Maji, UNNATO FC, Posta, Pamba, Rwampara FC, Roraima FC, Gulu United FC y Rockstars descendieron.
El máximo goleador de la temporada de 1999 fue Andrew Mukasa, del SC Villa, con 45 goles. 'Fimbo' ostenta el récord de mayor número de goles de liga anotados en una sola temporada. [2]