La temporada 1999 fue la séptima temporada de la J-League División 1. La liga comenzó en marzo y terminó en noviembre. Para este año, la división fue disputada por 16 equipos tras el cierre de Yokohama Flügels y el descenso de Consadole Sapporo a la recién formada División 2. En un año dominado por la prefectura de Shizuoka , Júbilo Iwata ganó la 1.ª etapa y sus vecinos Shimizu S-Pulse ganaron la 2.ª etapa. Iwata ganó el título de la J. League División 1 después de triunfar en los penaltis en el Campeonato Suntory .
Los siguientes dieciséis clubes participaron en la J.League División 1 durante la temporada 1999.
Jugador más valioso:
Alex (Shimizu S-Pulse)