La Copa de Campeones de Asia 1998-99 fue la novena edición de la competición de fútbol de asociación organizada por la Confederación Asiática de Fútbol (AFC) específicamente para los ganadores de las competiciones de copa nacionales en los países miembros de la AFC.
1 Al Nejmeh se retiró.
1 Police SC se retiró.
2 PIA FC se retiró.
3 Yangon City Development había sido sorteado contra los representantes de Indonesia, donde la temporada 1997/98 fue abandonada y la copa cancelada debido a la agitación política y económica en el país.
1. Yangon City Development no pudo alinear un equipo para el partido de vuelta debido a una enfermedad de un jugador.
1 Kazma se retiró.