Este artículo incluye las estadísticas de la Primera División de Bosnia y Herzegovina en la temporada 1998-99. En ella participaron únicamente los clubes que jugaban bajo los auspicios de la NFSBiH y la HZHB, sin contar los clubes que compitieron bajo los auspicios de la asociación de entidades de la República Srpska que jugaron en la Primera División de la República Srpska 1998-99 .
Participaron 16 equipos (competición organizada por NFSBiH ) y 14 equipos ( competición organizada por HZHB ).
En un principio, la NFSBiH y la HZHB habían programado un desempate entre los equipos que encabezaban la clasificación, pero debido a un problema en el estadio, el desempate se canceló y ninguno de los dos equipos pudo clasificarse para la respectiva competición europea. Sin embargo, el título fue para el FK Sarajevo , mientras que el Jedinstvo Bihać se clasificó para la primera ronda de la Copa Intertoto .