La Copa Checa 1998-99 fue la sexta edición del torneo eliminatorio anual de fútbol organizado por la Asociación Checa de Fútbol de la República Checa .
El Slavia de Praga se impuso en la Copa del Mundo el 25 de mayo de 1999 y se clasificó para la Copa de la UEFA 1999-2000 .
En la ronda preliminar participaron 36 equipos.
En esta fase participaron 78 equipos que, junto con los 18 ganadores de la ronda preliminar, disputaron 48 partidos para clasificarse para la segunda ronda.
La cuarta ronda se jugó los días 10 y 17 de marzo de 1999.
Los cuartos de final se jugaron el 14 de abril de 1999.
Las semifinales se jugaron el 4 y 6 de mayo de 1999.