El Campeonato Asiático de Clubes 1998-99 fue la 18.ª edición de la competición anual internacional de clubes de fútbol celebrada en la región de la AFC (Asia). En él se determinó el club campeón de fútbol de ese año en Asia.
Júbilo Iwata de Japón ganó la final y se convirtió en campeón asiático por primera vez.
1 Ambos partidos se jugaron en Bagdad , Irak, de mutuo acuerdo.
2 El FC Irtysh fue expulsado de la competición por utilizar dos jugadores no elegibles.
3 El FK Neftchy Farg'ona se retiró.
1 Selangor FA ingresó después de que Penang , que los había vencido en el campeonato, se retirara debido a los excesivos costos de viaje.
2 BEC Tero Sasana terminó cuarto, pero ingresó después de que los tres clubes que terminaron por encima de ellos en el campeonato se retiraran debido a los excesivos costos de viaje.
3 El partido se jugó a una sola pierna de mutuo acuerdo.
4 Allied Bank Limited FC se retiró.
5 Finance and Revenue se enfrentó a los representantes de Indonesia, donde la temporada 1997/98 fue abandonada y el campeonato retenido debido a la agitación política y económica en el país.
1 El partido se jugó a un solo partido por mutuo acuerdo.