La Copa de Campeones de Asia 1998-99 fue la novena edición de la competición de fútbol de asociación organizada por la Confederación Asiática de Fútbol específicamente para los campeones de copa de sus miembros.
1 Al Nejmeh se retiró.
1 Police SC se retiró.
2 PIA FC se retiró.
3 Yangon City Development había sido sorteado contra los representantes de Indonesia, donde la temporada 1997/98 fue abandonada y la copa cancelada debido a la agitación política y económica en el país.
1. Yangon City Development no pudo alinear un equipo para el partido de vuelta debido a una enfermedad de un jugador.
1 Kazma se retiró.