La temporada 1998-99 de la Vysshaya Liga fue la séptima temporada de la Vysshaya Liga , el segundo nivel del hockey sobre hielo en Rusia . Diez equipos participaron en la liga. Torpedo Nizhny Novgorod terminó primero, y los seis mejores equipos ganaron el derecho a participar en la ronda de clasificación de la Superliga rusa . Kristall Elektrostal, Dinamo-Energija Yekaterinburg y Torpedo Nizhny Novgorod fueron promovidos a la Superliga.