La Copa Amateur de Ucrania 1998-99 fue la tercera temporada anual de la competición eliminatoria de fútbol de Ucrania para equipos de fútbol amateur. La competición comenzó el 25 de octubre de 1998 y concluyó el 17 de junio de 1999.
Esta también fue la primera temporada de competiciones de copa de fútbol amateur administradas por la recién creada (en 1998) Asociación Ucraniana de Fútbol Amateur .
Notas:
En la competición no participaron las tres regiones que estuvieron representadas en la temporada pasada, entre ellas las provincias de Cherkasy, Rivne y Kyiv City. En su lugar, regresaron representantes de tres provincias, entre ellas Khmelnytskyi, Kyiv y Odesa, así como de dos nuevas provincias, Luhansk y Poltava.