La Copa Suiza 1998-99 fue la 74ª temporada de la competición anual de copa de fútbol de Suiza . Terminó el 13 de junio de 1999 con la final celebrada en Wankdorf , Berna . Los ganadores obtuvieron un lugar en la primera ronda de la Copa de la UEFA.
Los ganadores de la primera semifinal sorteada se consideran equipo local en la final.
