La Copa de Liechtenstein 1998-99 fue la quincuagésima cuarta temporada de la competición de copa anual de Liechtenstein . Siete clubes compitieron con un total de dieciséis equipos por un puesto en la ronda de clasificación de la Copa de la UEFA. El campeón defensor fue el FC Vaduz , que ha ganado la copa de forma ininterrumpida desde la temporada anterior. [1]